Décrypter les interactions (épi)génétiques dans le cancer colorectal

Objectifs :

Dans le cadre de ce projet, nous nous concentrons sur le cancer colorectal. Notre objectif principal est de générer et d'utiliser les données omiques obtenues à partir d'échantillons biologiques prélevés sur des patients, puis d'effectuer des analyses de données. 

Nos objectifs sont de :

  1. identifier le bouleversement moléculaire global associé en étudiant l'interaction entre les changements génomiques / épigénomiques / transcriptomiques
  2. examiner les données moléculaires ainsi que les informations cliniques détaillées sur les patients afin de mettre en évidence des anomalies/signatures clés et inédites pouvant être utilisées à des fins de diagnostic, de pronostic ou de traitement. 

Résumé :

Nous examinerons les données de la Cohorte de référence du MOHCCN produites par le Consortium contre le cancer de l’Atlantique (n = 260). Ce projet tirera parti de la logistique mise en place au cours de la phase 1, qui a permis d'établir des liens entre la biobanque, le centre de séquençage, le centre de bio-informatique et l'infrastructure informatique.

Bien que de nombreuses études aient identifié plusieurs variants utiles pour le diagnostic et les stratégies thérapeutiques du cancer colorectal, ces variants se trouvent, pour la plupart, dans des gènes codants, qui ne représentent que 2 % de l'ensemble du génome. Ici, nous souhaitons explorer les aberrations génomiques et épigénomiques dans le génome non codant, en nous concentrant sur les éléments régulateurs, connus pour être plus spécifiques aux tissus/cellules que les gènes. À cette fin, nous effectuerons un ChIPSeq H3k27ac pour cartographier les régions non codantes actives et l'intégrerons à d'autres données omiques qui seront générées à partir des patients. Nous souhaitons également explorer la relation entre les variables moléculaires et les caractéristiques des patients/maladies (telles que l'âge au moment du diagnostic, l'histologie tumorale).

Principaux produits livrables attendus sont :

  1. Les données ChIPseq H3k27ac seront obtenues pour 40 patients atteints de CCR;
  2. La lignée germinale et le paysage des variations somatiques pour 260 patients atteints de CCR seront identifiés;
  3. Les voies impliquées dans la tumorigenèse en étudiant l’interaction entre les données obtenues pour chaque patient (RNAseq, ChIPseq et WGS) seront explorées;
  4. Les éléments régulateurs non codants impliqués dans la tumorigenèse seront identifiés;
  5. Les relations entre les variants et les caractéristiques démographiques (par exemple, l’âge de début) et tumorales (par exemple, le stade et l’histopathologie) seront identifiées. Nous explorerons également de nouvelles interactions entre les variables moléculaires en relation avec ces caractéristiques; et
  6. Nous identifierons des associations pronostiques et/ou prédictives candidates de variants dans la cohorte de patients. 

Key Researchers