Séquençage orthogonal du pan-génome pour dévoiler les odyssées diagnostiques de la susceptibilité génétique au cancer : une étude d'évaluation des nouvelles technologies du Groupe de travail sur le retour des résultats

Utilisation du séquençage à lecture longue pour révéler des liens héréditaires inconnus avec le cancer

La première chose à laquelle pensent la plupart des médecins lorsqu'un de leurs patients est diagnostiqué avec un cancer à un jeune âge ou présente des antécédents familiaux importants de la maladie, c'est qu'il est porteur d'une prédisposition héréditaire au cancer. Confirmer cette hypothèse a des implications importantes tant pour le patient que pour les membres de sa famille, car l'identification des mutations responsables du cancer permet de mettre en place des thérapies ciblées et des protocoles de dépistage.

Mais malgré les progrès considérables réalisés dans le développement des technologies de séquençage permettant d'identifier ces facteurs de risque héréditaires, les technologies traditionnelles de séquençage de l'ADN ne parviennent souvent pas à identifier les mutations héréditaires responsables de leur maladie.

Pour changer cette situation et redonner espoir à ces patients, l'Institut de recherche Terry Fox et le Réseau des centres d'oncologie du Marathon de l'espoir financeront une équipe de chercheurs dirigée par le Dr George Zogopoulos, du Centre de recherche du Centre universitaire de santé McGill, qui mettra à l'essai une nouvelle technologie appelée séquençage à lecture longue afin de découvrir ces mutations génétiques insaisissables associées au cancer héréditaire.

« Notre étude vise à vérifier si cette technologie de séquençage avancée permet d'identifier des mutations génétiques liées au cancer héréditaire qui auraient pu être négligées par les méthodes conventionnelles », explique le Dr Zogopoulos. « Nous nous concentrons sur les patients inscrits dans nos registres des cancers du pancréas et gastro-intestinaux qui présentent le risque le plus élevé d'être atteints de ces facteurs génétiques cachés. »

Le projet a sélectionné 150 patients parmi une cohorte plus large, choisis spécifiquement pour leur potentiel à révéler des informations cruciales sur la prédisposition au cancer. En appliquant le séquençage à lecture longue à leur ADN germinal, les chercheurs espèrent découvrir des altérations pathogènes (associées à la maladie) dans les gènes de susceptibilité au cancer que les technologies de séquençage à lecture courte auraient pu manquer.

« Cela pourrait révolutionner notre compréhension de la prédisposition au cancer », explique le Dr Zogopoulos. « L'identification des variants pathogènes peut orienter les traitements personnalisés pour les patients atteints de cancer et a des implications importantes pour leurs proches, qui peuvent également être à risque. »

L'identification des variants pathogènes de la lignée germinale permet non seulement d'orienter les stratégies thérapeutiques pour les patients, mais aussi d'évaluer le risque de cancer pour leur famille. Cela signifie que les proches porteurs de ces variants pourraient également bénéficier de mesures de prévention et de dépistage précoce.

C'est pourquoi l'équipe travaillera en étroite collaboration avec le Groupe de travail sur le retour des résultats du Réseau des centres d'oncologie du Marathon de l'espoir, qui élabore déjà une stratégie visant à harmoniser la communication des résultats relatifs au risque de cancer héréditaire à l'échelle du Canada. Cette nouvelle technologie, associée à la stratégie de communication élaborée par ce groupe, pourrait être la clé de la création de nouveaux protocoles de dépistage pour les patients présentant un risque élevé de développer un cancer, ouvrant la voie à une détection plus précoce de la maladie, ce qui est associé à de meilleurs résultats et à une meilleure qualité de vie.

« Ce projet souligne l'importance des technologies génomiques avancées dans le traitement du cancer », ajoute le Dr Zogopoulos. « En améliorant notre capacité à identifier les risques génétiques, nous nous rapprochons d'une prise en charge plus efficace et personnalisée du cancer pour les patients et leurs familles. »

Tout le séquençage pour ce projet sera effectué au Centre de génomique McGill à Montréal et au Canada's Michael Smith Genome Sciences Centre à Vancouver.

« Le séquençage à lecture longue est très prometteur pour percer les mystères de la prédisposition héréditaire au cancer », affirment les Drs Ioannis Ragousis et Marco Marra, qui dirigent respectivement les efforts de séquençage à Montréal et à Vancouver. « Travailler ensemble pour harmoniser la façon dont nous utilisons cette technologie novatrice à l'échelle du pays est un énorme pas en avant pour déterminer comment nous pouvons l'intégrer efficacement au profit des patients atteints de cancer. »